ต่อมานครน่าน ได้เป็นประเทศราชรวมอยู่ในราชอาณาจักรสยาม โดยในช่วง พ.ศ. 2297 – 2327 หัวเมืองล้านนาต่าง ๆ พยายามแข็งข้อต่อพม่า สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ทรงสามารถโจมตีขับไล่พม่าออกจากเชียงใหม่เป็นผลสำเร็จเมื่อปี พ.ศ. 2317 แต่นครน่านยังตกอยู่ในฝ่ายพม่า เจ้าน้อยวิฑูร เจ้านครน่านถูกจับและถูกคุมตัวส่งไปยังกรุงธนบุรี (พ.ศ. 2321) เมืองน่านจึงขาดเจ้าผู้ปกครอง พม่าได้ยกทัพกวาดต้อนผู้คนไปอยู่ที่เชียงแสน ทำให้เมืองน่านถูกทิ้งร้างว่างเปล่า จนกระทั่งพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงแต่งตั้งให้เจ้ามงคลวรยศ หลานเจ้าพญาหลวงติ๋นมหาวงศ์ มาปกครองนครน่านที่รกร้างว่างเปล่า และในปี พ.ศ. 2328 กองกำลังพื้นเมืองล้านนาโดยการสนับสนุนของกองทัพสยาม ขับไล่พม่าออกไปได้สำเร็จ นครน่านจึงรวมเข้าอยู่ในราชอาณาจักรสยาม และเจ้ามงคลวรยศได้ยกนครน่านให้เจ้าฟ้าอัตถวรปัญโญปกครองสืบไป